Zurzeit gibt es fünf Grundstufenklassen, in denen Schülerinnen und Schüler altersübergreifend unterrichtet werden. Drei davon werden im Stammhaus am Standort Schwarzach der Johannes-Diakonie unterrichtet. Die zwei weiteren Klassen sind als Kooperative Organisationsformen (KOFs, früher: Außenklasse) an Grundschulen in der Umgebung untergebracht.
